كشفت عدد من الوثائق وحصل عليها الجيش الأمريكي بعد عملية قتل زعيم تنظيم القاعدة السابق، أسامة بن لادن، في أبوت أباد، مراسلات بين بن لادن وقادة في تنظيمه تطلعه على الأوضاع الراهنة. الوثائق التي رُفعت السرية عنها كأدلة في محاكمة المشتبه به بانتمائه للقاعدة عبيد نصير، ونشرتها الـ"سي ان ان"، أظهرت عددا من الرسائل من وإلى أسامة بن لادن من قادة في تنظيم القاعدة، حيث كشفت إحدى هذه الرسائل الموجهة في يونيو/ حزيران 2010 تحذيرا لزعيم لبن لادن وتطلب منه ترك فترات زمنية أطول بين المراسلات وخذ احتياطات إضافية خصوصا هذا العام.

 وأظهرت مراسلات أخرى المعاناة التي يمر بها التنظيم وقادته جراء الضربات الجوية التي تنفذها الطائرات دون طيار، حيث وفي أحد الرسائل الموجهة لبن لادن، قال أحد القادة: |لاتزال الطائرات تحلق في سمائنا في كل يوم تقريبا"، الأمر الذي دفع ببن لادن في وقت لاحق لاقتراح نقل التنظيم إلى دول أخرى.

 ابن لادن بدوره بعث برسائل لقادته يظهر فيها أنه ورغم المظهر القوي الذي يتسم به التنظيم إلا أنه كان يعاني ويواجه صعوبات في تنفيذ عملياته بعد 11 سبتمبر/ أيلول، حيث وفي أحد الوثائق قال قيادي في القاعدة "إن خطط مهاجمة السفارة الأمريكية في روسيا فشلت، إلى جانب فشل خطط استهداف عدد من المواقع في بريطانيا".

و في مراسلات أخرى ظهر ازدهار القاعدة في اليمن والذي يطلق عليها اسم القاعدة في شبه الجزيرة العربية، وأسلوب الاختطافات والمطالبة بالفدية في مختلف الدول، حيث قال أحد القادة في رسالة لبن لادن: "أحمل اخبارا جيدة اليوم الله أكرمنا بمبلغ مالي جيد هذا الشهر.. حيث أن السفير الأفغاني الذي كان مأسورا لدينا لعامين تمت فديته بخمسة ملايين دولار".